weixin_40004960 于 2020-12-21 01:00:13 发布用R语言做非度量多维尺度分析(NMDS)
2018-11-24
原创 2017-03-10 OmicShare.com 基迪奥生物 基迪奥生物
微信号 gene-denovo
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NMDS(Non-metric Multidimensional scaling)简单来讲就是降维，比如你有20个样本，首先要计算样本与样本间的距离。在微生物分析过程中，这个距离的选择有很多种。
比如有：manhattan、euclidean、canberra、bray、kulczynski、jaccard、gower、altGower、morisita、horn、mountford、raup、binomial、chao、cao、mahalanobis。默认是bray。常用的其实还有jaccard。
非度量多维尺度法是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据，仅能得到他们之间等级关系数据的情形。其基本特征是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数，在保持原始数据次序关系的基础上，用新的相同次序的数据列替换原始数据进行度量型多维尺度分析。
换句话说，当资料不适合直接进行变量型多维尺度分析时，对其进行变量变换，再采用变量型多维尺度分析，对原始资料而言，就称之为非度量型多维尺度分析。其特点是根据样品中包含的物种信息，以点的形式反映在多维空间上，而对不同样品间的差异程度，则是通过点与点间的距离体现的，最终获得样品的空间定位点图。
