优化的 BioID 自动化工作流程提高了蛋白质

优化工作流程，提高效率 #生活技巧# #领导力技巧# #执行力提升#

IF 3.8 2区 生物学 Q1 BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS

Emilio Cirri, Hannah Knaudt, Domenico Di Fraia, Nadine Pömpner, Norman Rahnis, Ivonne Heinze, Alessandro Ori* and Therese Dau*, 

摘要

近距离依赖性生物素化是研究细胞中蛋白质-蛋白质相互作用的重要方法，其应用领域不断扩大。迄今为止，费时费力的样品处理限制了项目规模。在这里，我们介绍一种液体处理机上的自动化工作流程，一次最多可处理 96 个样品。自动化不仅可以并行处理更多的样品，还能提高可重复性并降低最小样品输入量。此外，我们还将自动样品处理与更短的液相色谱梯度和数据独立采集相结合，以提高分析通量，并实现大量样品蛋白质定量的可重复性。我们成功地将这一工作流程用于优化蛋白酶体底物的近距离标记检测。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

Optimized Automated Workflow for BioID Improves Reproducibility and Identification of Protein–Protein Interactions

Proximity-dependent biotinylation is an important method to study protein–protein interactions in cells, for which an expanding number of applications has been proposed. The laborious and time-consuming sample processing has limited project sizes so far. Here, we introduce an automated workflow on a liquid handler to process up to 96 samples at a time. The automation not only allows higher sample numbers to be processed in parallel but also improves reproducibility and lowers the minimal sample input. Furthermore, we combined automated sample processing with shorter liquid chromatography gradients and data-independent acquisition to increase the analysis throughput and enable reproducible protein quantitation across a large number of samples. We successfully applied this workflow to optimize the detection of proteasome substrates by proximity-dependent labeling.

来源期刊

期刊介绍： Journal of Proteome Research publishes content encompassing all aspects of global protein analysis and function, including the dynamic aspects of genomics, spatio-temporal proteomics, metabonomics and metabolomics, clinical and agricultural proteomics, as well as advances in methodology including bioinformatics. The theme and emphasis is on a multidisciplinary approach to the life sciences through the synergy between the different types of "omics".

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